Mühlentor, Heilig-Geist-Hospital, Rathaus, St. Petrie, Viehtor, Barfüßerkloster St. Cyriax, Neues Tor und St. Gertraud - bereits im 10./11. Jahrhundert lassen sich geografisch und geschichtlich Spuren ausfindig machen, die auf ein späteres Entstehen der einstigen Hansestadt Seehausen hinweisen.
Damals stellte das Gebiet der Altstadt, am linken Ufer des Flusses Aland, eine markgräfliche Burgstelle mit slavischer Dienstsiedlung dar. Im Jahre 1009 erwarb der Merseburger Bischof Wigbert das damals noch „Sidageshusen“ betitelte Gebiet, ebenso wie die an der Elbe situierte Ortschaft Werben. Im Anschluss an den 1147 stattgefundenen „Wendenkreuzzug“ siedelte Albrecht der Bär flämische Einwanderer in dieser Gegend an. Bis 1151 hatte sich der Stadtname bereits in „Sehusen“ gewandelt. Schnell gewann die Siedlung an Bedeutung, insbesondere anhand des 1174 durch Bischof von Verden errichteten Archidiakonates zu erkennen. Dieses wurde später zu einer Propstei umfunktioniert. Nachdem Seehausen 1196 an den Magdeburger Bischof verpfändet worden war, erhielt es zum ersten Mal in seiner Geschichte die Bezeichnung „oppidum“, also „Kleine Stadt“. Die Lage der heutigen, eigentlichen Stadt geht auf die bis zur Mitte des 13. Jahrhunderts geschehenen Umsiedlung des Gebietes in die Neustadt zurück. Die Altstadt, 1260 aufgegeben, wurde allerdings im späten 19. Jahrhundert wieder bebaut. Auch das auf dem triangulär geformten Marktplatz situierte Rathaus wurde in dieser Zeit ersetzt.
Nachdem die Wirtschaft stark zu florieren begonnen hatte, befand sich die Hansestadt im Jahre 1327 in ihrer Blütezeit. Das städtische Leben der Seehäuser war geprägt durch Gilde und Zünfte.
Die im Mittelalter entstandene Stadtbefestigung ist heute nur noch in Auszügen vorhanden. Von den ürsprünglich vier Toren, dem Vieh-, Stein-, Mühlen und Beustertor ist nur eins, das letztgenannte, erhalten geblieben. Auch einige Teile der Stadtmauer und eine Notpforte sind heute noch zu besichtigen. Der Dreißigjährige Krieg führte die Entwicklung der Stadt zurück in den Status eines verhältnismäßig bescheidenen Ackerbürgerstättchens. Durch eine Feuersbrunst im Jahre 1722 wurde die ehemalige Hansestadt in vielen Teilen verwüstet. Kurze Zeit später gewann Seehausen als Garnisonsstadt wiederum an Bedeutung.
Heute wird das Stadtbild dominiert durch Wohnungsbauten aus dem 17. und 18. Jahrhundert. Die Straßenführung hingegen ist weitestgehend dem im Mittelalter erdachten und entstandenen Verlauf treu geblieben. Besonders prägend wirkten seit jeher die im Wandel der Zeiten oftmals verfallenen, historisch imposanten Gebäude auf das städtische Panorama, heute allen voran die Petrikirche.
Auf dem Gebiet der Altstadt war einst die vermutlich aus Holz oder Fachwerk bestehende Jacobikirche errichtet worden, die erste Pfarrkirche der Stadt. Der mit Backstein angelegte Folgebau dieser Institution verfiel allerdings im Laufe des 17.Jahrhunderts. Im Zeitraum von 1170 - 1180 wurde die St. Peter und Paul Kirche als romanische Basilika erbaut. Der Umbau zur gotischen Hallenkirche erfolgte 1440 - 1480.
Die Dominikaner eigneten sich im Jahre 1252 eine weitere, südlich der heutigen Stadt gelegene markgräfliche Burg an und errichteten infolgedessen das Kloster St. Cyriax. Dieses wurde jedoch 1641/44 durch schwedische Truppen zerstört. Im Mittelalter entstanden des weiteren die Hospitäler St. Georgen, St. Gertrud und die Kirche des Heilig-Geist-Hospitals. Letztere ist bis in die heutige Zeit erhalten geblieben. Dieses gotische Bauwerk wurde 1541 säkularisiert. Es fand zwischendurch Verwendung als Salzmagazin und ab 1902 als Elektrizitätswerk. In Zukunft soll es wieder öffentlicher Nutzung zur Verfügung stehen. Das Klosterstift Beuster, die Propstei, ebenso wie die Pfarrkirche gingen mit der Urkunde vom 16. Oktober 1337 durch Markgraf Ludwig in den Besitz Seehausens über.
Während der Reformationszeit wurde der Magister Johannes Hemstädt durch eine rein plebiszitär initiierte Entscheidung zum ersten evangelischen Prediger. Wenig später bestätigte ihn der derzeitige Kurfürst Joachim II. in seinem Amt.
Der bei weitem berühmteste Einwohner Seehausens war der Altertumsforscher und Begründer der klassischen Archäologie Johann Joachim Winckelmann. In Stendal geboren, arbeitete er einige Jahre als Konrektor an der 1472 initiierten Lateinschule, welche ihm ihre heutige Bezeichnung, nämlich „Winckelmann“ –Gymnasium verdankt.
Heute ist Seehausen eine kleine gemütliche Stadt mit mittelalterlichem Stadtkern, die eine von vielen geschätzte idyllische Ruhe ausstrahlt.